Sobre o grupo:
EvoMol-Lab
O Laboratório de Evolução de Moléculas e Sistemas (EvoMol-Lab) é um dos grupos de pesquisa associados ao Centro Multiusuário de Bioinformática (BioME), do Instituto Metrópole Digital (IMD) da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN). O EvoMol-Lab tem como missão estudar processos evolutivos que atuam em moléculas, complexos supramoleculares e sistemas (vias e redes de interação) e os efeitos estruturais e funcionais provocados pela variação genética, utilizando abordagens da Bioinformática, modelagem molecular e análise evolucionária de sequências. Seu Principal Investigador é o Prof. João Paulo MS Lima, Professor Titular da UFRN.
Nossas ferramentas:
O EvoMol-Lab tem uma série de ferramentas "mágicas" para ajudar você no seu trabalho e nas suas análises.
CaRinDB
CaRinDB is an interactive database designed to streamline cancer mutation research by integrating data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and advanced structural analysis tools, along with advanced effect predictions and molecular features such as Residue Interaction Networks (RINs) derived from Protein Data Bank experimental structures and AlphaFoldDB computational models. Covering 33 distinct cancer types, CaRinDB offers a broad spectrum of insights into cancer mutation dynamics.
SlyTheRINs:
Um comparador de Redes de Interação de Resíduos (RINs) com base em parâmetros de grafos.
RevelioPlots
Um avaliador para estruturas de proteínas provenientes de preditores baseados em IA.
HufflePlots
Uma ferramenta simples para plotar gráficos interativos de RMSD e RMSF provenientes de Dinâmica Molecular e simulações baseadas em modo normal.
Differential Expression Diagonal Alley (DDEA)
DDEA is a simple Streamlit application to analyze Case x Control gene expression output data from GEO. Allows users to upload a .tsv file, a custom gene list (optional), and specify a comparison string, with controls in a sidebar. DDEA then plots differentially expressed genes using Plotly and displays their p-values.
Rictusempra
Uma ferramenta simples para visualização de estruturas químicas no formato SMILES.
The Pensieve Plotter
An interactive tool for visualizing Extended Bayesian Skyline Plots (EBSP) from BEAST log files.
About me:
Profissional
Sou Biólogo (Bacharel) formado pela Universidade Federal do Ceará (UFC) (2000), Especialista em Bioinformática (2002), Mestre (2003) e Doutor em Bioquímica (2007). Atuei científicamente nas áreas de Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática. Minha principal linha de pesquisa hoje é a Evolução de Moléculas e Vias Metabólicas, utilizando abordagens da Bioinformática/Bioinformática Estrutural e da Filogenia Molecular. Atualmente sou Professor Titular do Departamento de Bioquímica, Centro de Biociências da Universidade Federal do Rio Grande do Norte, membro permanente do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (PPg-Bioinfo-IMD/UFRN), pesquisador (P.I.) do Centro Multiusuário de Bioinformática (CMB/IMD/UFRN) e pesquisador associado do Instituto de Medicina Tropical do RN (IMT-RN).
Pessoal
Pai de humanos e de cães. Cientista, ciclista amador, entusiasta do gravel.
Mastodon: @jpmslima@mstdn.science
